In klinischen Materialien dominieren im wesentlichen Bacteroides fragilis und Bacteroides thetaiotaomicron. Andere Bacteroides Spezies werden dagegen deutlich seltener aus Infektionsprozessen isoliert. Bacteroides vulgatus ist die quantitativ vorherrschende Spezies der Stuhlflora und und kann daher als Indikator für fäkale Kontamination angesehen werden.

Bacteroides fragilis	(Leitkeim für Infektionsprozesse)
Bacteroides thetaiotaomicron	(Leitkeim für Infektionsprozesse)
Bacteroides vulgatus	(Leitkeim der Darmflora)