Bacteroides thetaiotaomicron unterscheidet sich von den Arten B. uniformis und B. ovatus sowie von den neu beschriebenen Arten B. nordii und B. salyersae im Nachweis der Aginin- und Leucin-Arylamidase Aktivität. B. uniformis ist als einzige Spezies a-Chymotrypsin positiv. B. ovatus ist Trehalose positiv, die Spezies B. nordii und B. salyersae dagegen Trehalose negativ. Diese Spezies unterscheiden sich wiederum in der Fermentation von Arabinose (B. nordii negativ, B. salyersiae positiv).

B. stercoris unterscheidet sich von den anderen Indolpositiven Bacteroides-Arten durch Bildung von Arginindihydrolase.

Die Schlüsselzucker zur Unterscheidung von B. eggerthii sind Arabinose (neben B. eggerthii nur B. salyersiae positiv) und Saccharose (B. eggerthii negativ, B. saylersiae positiv)