Bis 1989 enthielt die Gattung Bacteroides mehrere Dutzend Arten anaerober gramnegativer sporenloser Stäbchen. 1989 erschien der Vorschlag von Shah und Collins, die Gattung Bacteroides auf Bacteroides fragilis und nahe verwandte Spezies zu beschränken. Die früher (Werner 1970; Holdeman und Moore, 1974; Cato und Johnson, 1976) herausgestellten sieben Spezies mit Standort im Darmtrakt, nämlich Bacteroides fragilis, Bacteroides thetaiotaomicron, Bacteroides distasonis, Bacteroides vulgatus, Bacteroides uniformis, Bacteroides ovatus und Bacteroides eggerthii waren 1986 von Johnson et al. durch Bacteroides caccae, Bacteroides merdae und Bacteroides stercoris komplettiert worden, sodass die bereinigte Gattung Bacteroides 10 Spezies umfaßte (Shah und Collins, 1989); die Typspezies ist Bacteroides fragilis. Erst 15 Jahre später, nämlich 2004 wurden zwei weitere indolpositive Bacteroides spezies, nämlich Bacteroides nordii und Bacteroides salyersae aus dem menschlichen Darmtrakt beschrieben (Song et al., 2004). Die Autoren wiesen in einer späteren Publikation darauf hin, dass weitere drei bislang als Genospezies beschriebenen Gruppen von den indolpositiven Arten abzugrenzen sind (Song et al., 2005). Zusätzlich wurde 2005 eine weitere indolnegative Bacteroides spezies, nämlich Bacteroides goldsteinii (Song et al., 2005b)zugeordnet. Damit umfasst die Gattung Bacteroides jetzt 13 Nomenspezies und drei Genospezies.

 

Bacteroides-fragilis-Gruppe (nur Nomenspezies)
B. caccae
B. distasonis
B. eggerthii
B. fragilis
B. merdae
B. ovatus
B. stercoris
B. thetaiotaomicron
B. uniformis
B. vulgatus
B. nordii
B. salyersae
B. goldsteinii

 

Einige andere, noch unter dem Gattungsnamen Bacteroides laufende Arten, wie z.B. Bacteroides splanchnicus, Bacteroides coagulans oder Bacteroides ureolyticus, die nicht zu der Bacteroides-fragilis-Gruppe gehören, erwarten in Zukunft eine taxonomische Änderung und Umbenennung. Für einige Spezies ist das bereits erfolgt, so z.B. Campylobacter gracilis (vormals Bacteroides gracilis, 1996 von Wexler et al. als Sutterella wadsworthensis neu beschrieben) oder Dialister pneumosintes (vormals Bacteroides pneumosintes).